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Un nuevo algoritmo reconoce secuencias de ADN en tiempo récord: 5 horas

Un nuevo algoritmo reconoce secuencias de ADN en tiempo récord: 5 horas

De 20 días a solo 5 horas. Es la gran reducción de tiempo en la identificación de secuencias de ADN que ha conseguido lograr un investigador y que abre la puerta a identificar enfermedades (y tratarlas) con mayor rapidez y precisión. El algoritmo ya se ha incluido en el programa de software libre PLINK, el más utilizado en el mundo en análisis genético.

| etiquetas: algoritmo , secuenciación , adn
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Gran avance.
Es increíble, pero casi toda la bioinformática es de software libre. Esto da una impresión fantástica del idealismo y la vocación que conlleva ejercer mi profesión, la biología.

A parte de ser un campo hermosísimo, en continuo avance y siempre con conclusiones que consiguen sorprenderte una y otra vez, ayuda a una mejor comprensión de uno mismo.

Ahora si, si con estas palabras he conseguido suscitar alguna vocación, advierto a todos los jóvenes que pretendan seguir una carrera investigadora en biología, que actualmente es necesario un alto nivel de inglés y de programación.
#2 El físico atrae.
Pero el Biólogo enamora.
#2 biologos programando? Ahora sí que la hemos montado
#17 Y bioinformáticos. Aunque según mi experiencia un bioinformático es alguien que debería saber de biología y de informática pero que en realidad ni fu ni fa porque se pasa el día en el bar :troll:
#55 Tengo una amiga que pienso enseñarla Perl con los módulos de biología.
#12 yo lo estudie haciendo informática y este campo tiene poco de biológico. Está más cerca del reconocimiento de patrones dentro de un cadena gigante de letras, que son las cadenas de adn.
#27 Exactamente
#12 ¿De qué te asustas? Estamos entrenados para buscar patrones en la naturaleza. De hecho, si los economistas aprendieran lo que significa el crecimiento exponencial y las estrategias de la r y de la K, al mundo le iría mucho mejor. Escucha a #27 Bueno, aunque parece que #27 está diciendo que el ADN es como un problema de REGEXP, pero a lo bruto, y no es exactamente así :-S cc/ #31

#13 sin embargo, las tecnologías de la información se emplean tan extensamente en las áreas…   » ver todo el comentario
#43 a los lenguajes de programación todavía les queda un trecho importante de evolución. Python destaca por la legibilidad y por una librería estándar muy apañada.

tira.inestable.org/ecolg-028.png

No lo he encontrado en otro idioma.

En su día era una maravilla comparado con otros lenguajes, pero la evolución continúa. Scala ha sabido conjugar POO y funcional y ya tiene IDEs y frameworks majos, pero igualmente la evolución debe continuar. Así a ojo, yo diría que estamos a unos 20 años del lenguaje de programación definitivo. Y paradójicamente, Lisp sigue sin ser superado a su manera.

Por cierto, ¿qué es eso de SBML?
#43 obviamente era una simplificación. Nada es tan fácil.
#43 Es que la biología siempre me ha fascinado. Pues puede ser un plus que se de la convergencia de informático hacia biólogo en vez de al revés, a lo mejor mi forma de pensar cuadriculada ayuda a la otra rama :-)
#2 > actualmente es necesario un alto nivel de inglés y de programación.

Lo que se lleva ahora es la biotecnología, que no es exactamente la biología clásica, que yo sepa.

En este caso, aplicado a las ciencias de la salud, por lo que podemos hablar de biomedicina. Tal vez sería más correcto hablar de biotecnomedicina, pero ya me pierdo un poco.

Eso es porque, en mi opinión, las ciencias de la información lo están cambiando todo. Entendiendo como "ciencias de la información"…   » ver todo el comentario
#13 Yo a la informática la llamaria "Ciencias de la Computación", una traducción mas correcta de "Computering Science", así no se confundiria con Periodismo
#16 quieres decir una traducción más correcta de "computer science".

Pero no es una descripción correcta de lo que se hace en informática. Por ejemplo toda la rama de representación del conocimiento, cuestiones declarativas, lógica y modelado, etc. se relaciona con la información, no con los procesos automáticos sobre ella. Un modelo UML, entidad-relación, la normalización de las bases de datos, el álgebra relacional... creo que es más apropiado llamar a eso informacion que…   » ver todo el comentario
#16 "computer science" o "computing science"
#23 Cierto, "Computer Science"
#13 R lo peta entre los estadísticos o informáticos que se dedican a Machine Learning (y Big Data en general). Aunque ahora con Scala y Spark... :roll:
#25 Yo personalmente lo prefiero con mucho a cualquier otra cosa, pero no sé yo si Scala y Spark son exactamente lo más accesible para un biólogo, puede que Pandas sea más sencillo.
#13 R no és un lenguaje de programación (aunque se puedan hacer scripts), mientras que Python sí.

En algunas ramas de la bioinformática se utiliza mucho R (principalmente en omics, donde el análisis estadístico de los microarrays se hace con R), mientras que Python se usa mucho como lenguaje de programación y punto.

El que se usaba mucho antes y está desapareciendo es perl, por lo bueno que es tratando con regex.
#2 yo tengo la vocación desde hace tiempo pero empecé por el lado de la ingeniería de informática (hace 15 años que la terminé) pero siempre quise estudiar Biología como "entretenimiento" o por el placer de estudiarla. Ahora visto la sinergia (creo que es la primera vez que puedo usar esa palabra con propiedad) entre nuestras ramas...¿Cómo ves el tema de ponerme a estudiar ahora con 36 años biología? ¿Hay alguna vía "rápida" para ser Bioinformático, estilo masters, etc? Ultimamente tengo cada vez mas ganas de ponerme a ello, me vendría bien una orientación
#20 en la uoc tenían un posgrado en bioinformática hasta hace poco, supongo que en octubre lo volverán a poner. Ahora mismo solo veo el de bioestadística: estudis.uoc.edu/ca/masters-postgraus-especialitzacions/informatica-mul
#20 El problema es que para este tipo de cosas pesa más la parte de biología que la parte informática que se reduce a programación... no es lo mismo un informático que un tipo que sabe programar... por tanto lo ideal seria que estudiaras biología porque con un posgrado diría que es algo más útil a un biólogo que necesita manejar herramientas de programación que se pueden aprender con pocas asignaturas... biología es biología, una señora carrera de ciencias puras que dudo pueda resumirse en un…   » ver todo el comentario
#20 Mi caso es al revés estudie biología, y por "entretenimiento" me he matriculado en la uned de ingenieria informatica....
#20 yo estoy en la misma situación, y aunque nunca tuve vocación por la biología, la noticia y el comentario de @gustavocarra me hacen querer volver 10-20 años atrás y poder estudiarla...
#49 un sólo minuto en biología es perder la perspectiva de estar en la cresta de la ola. He acabado este libro y me ha dejado sin aliento, después de seguir todo lo que hacía www.amazon.co.uk/The-Vital-Question-Why-life/dp/1781250367

En el libro cuenta entresijos... Hacer biología de alto nivel es muy complicado. Porque entre otras cosas, cuando pueda, deberá escuchar mis críticas.
#51 es un libro accesible para completos ignorantes en la materia, pero amantes de la ciencia? Lo recomiendas?
#52 Es uno de los pocos textos que hacen biología fundamental de la de verdad, de la que se echa de menos. Supongo que estas palabras son una encarecida recomendación, o de lo contrario, no te lo he contado bien. :-)
#2 también es necesario un alto nivel de país (y que esté en el 1er mundo), que te dejas lo más importante :palm:
CollectGarbage()
Espérate que lo implemente Gallir en MnM
#4 La herramienta definitiva en menéame, detectará a un troll según está escribiendo y se lo comunicará. Troll detected: turn off connection. NO CARRIER, beeep.
Anda, pero si este campo de la base de datos no tiene un índice...¿a ver ahora?
Ahora puedo empezar a creerme lo poco que tardan en CSI
Esto es para los que se cuestionan la inversión en I+D
estaba hecho en PHP
Psé, en CSI te lo sacan en unos minutos. Aficionados...
Y en breve lo descargamos por Torrent...
#15 jajajajaja. Desde luego, la crítica de ñordos sustentada en la evidencia científica tiene un gran futuro por delante :professor:
Espero que el algoritmo cuente con el correspondiente sello y visado del Excelentísimo Colegio de Ingenieros Informáticos. No me gustaría que algo tan crítico dependa de biólogos, que son gente sin competencias ni puta idea de desarrollar algoritmos porque no lo dan en la carrera.

Además, eso sería intrusismo. Vidas humanas dependen de ello.

Exijo que un comité evaluador formado por 3 ingenieros de la Mesa de El Colegio con sus cuotas correctamente pagadas revise y audite ese código. Millones de vidas dependen de ello. ¿Nadie va a pensar en los niños?
#18 Que tiempos aquellos de análisis y diseño de algoritmos, y los órdenes de complejidad. Vaya una asignatura fea, todo matemáticas de polinomios, sucesiones, etc.
Como sea como el de meneame igual les meto el mio y sale un pulpo o un rinoceronte, a saber....
soyprogramador.gif

i.imgur.com/TGwrr7T.gif
Que bien sienta leer una noticia de éste tipo junto con una buena cerveza en la mano, hostias.
espero que lo siguiente sea un paliativo o semi cura al menos para el cancer
Estamos jodidos. Más biometría nazi para la dictadura de los tecnócratas.
Uff, que envidia... Y yo lloro cada vez que hago que mi montecarlo vaya una hora más rápido...
Editado
Pues que orgulloso se debe sentir el tío... reducir de 3 semanas a más o menos el tiempo de espera en la consulta del dentista, es increible.
#37 cambia de dentista
Noticia sensacionalista de cojones.

El artículo científico original es de enero de 2014 ( www.biomedcentral.com/1471-2105/15/10/abstract ), pero ahora su creador ha completado su tesis doctoral y su universidad (aparentemente centrada en tecnología: en.wikipedia.org/wiki/Free_University_of_Bozen-Bolzano#Faculty_of_Scie) ha sacado una nota de prensa exagerando sobradamente sus méritos.

Sí, ha desarrollado un algoritmo que acelera en un 90% UN DETERMINADO TIPO

…   » ver todo el comentario
#39 Me he colado un poco con lo de la universidad. La nota de prensa original explica más en detalle de qué tipo de análisis se trata: idw-online.de/de/news630405
Perl se sigue usando, hay módulos en CPAN para hacer todo lo que pide #0
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