Durante décadas, científicos e historiadores se han preguntado por las inconsistencias en la historia de Fleming. Para empezar, la ventana del laboratorio de Fleming rara vez (o nunca) se dejaba abierta, precisamente para evitar el tipo de contaminación que supuestamente condujo al descubrimiento de la penicilina. En segundo lugar, la historia es sorprendentemente similar al descubrimiento previo de Fleming de la lisozima, otra sustancia antibacteriana, que también presentó una afortunada contaminación procedente de una ventana abierta.
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