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Alcantarilla fue detenido el 3 de octubre de 2004 mientras trabajaba como camionero en Burgos, durante una operación conjunta de las fuerzas policiales españolas y francesas bajo la dirección la jueza francesa Laurence Le Vert. Vivía entonces en Urruña. Permaneció incomunicado en manos de la Guardia Civil en el cuartel de Tres Cantos desde el momento de su arresto hasta pasados cuatro días. Mientras lo torturaban, se giró y vio a Pérez de los Cobos, quien, siempre según Alcantarilla, le dijo «gracias, comisario» a un compañero suyo.