Pues la verdad no veo conveniente en que se puedan tener ambos sistemas operativos en un centro. En Murcia, donde no hay distro linux oficial, utilizo en mis clases Windows XP (con licencia claro) con la mayoría del Software opensource y algunos ordenadores los tengo con arranque dual con openSUSE 10.3. Creo que se debe implantar poco a poco el uso de Linux en los centros públicos por sus evidentes ventajas, pero no creo que, en muchos casos, la solución sea una migración completa. La educación es un proceso que requiere tiempo y la libertad de elección es sin duda fruto de ella.
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Esto vuelve a ser lo de siempre... Pues lo siento mucho pero para muchos pdf la mejor opción es utilizar el software de Adobe. SumatraPDF, Evince y Okular son excelentes programas, pero es como comparar (como siempre también) Adobe Photoshop con Gimp o MS Office con Openoffice.org. Aunque nos pese a muchos debemos ser sinceros y no dejarnos llevar por el corazón...