SARS-CoV-2: situación actual de las variantes y mutaciones que pueden escapar de los anticuerpos

Las variantes de interés para la salud pública son aquellas más transmisibles, más virulentas o que pueden escapar al efecto de los anticuerpos adquiridos tras infección natural o vacunación con variantes previas.

► Las medidas de prevención (mascarilla 😷 , distancia interpersonal 🧍↔️🧍 y ventilación 🌀) son eficaces para todas las variantes.

► La confirmación de estas variantes se realiza mediante secuenciación. Para su detección preliminar y cribado pueden utilizarse distintas técnicas de PCR.

► En España se está en proceso de integrar la secuenciación en la vigilancia epidemiológica.

❉ Las de mayor impacto para la salud pública de España, son tres:

Británica ~ Sudafricana ~ Brasileña

Pero antes de continuar, atendamos a estas tres preguntas:

¿Qué es una variante?

• Los virus cambian constantemente a través de mutaciones que crean nuevas cepas de virus (llamadas variantes) con el tiempo. Algunas variantes del virus surgen y luego desaparecen, mientras que otras persisten o se vuelven comunes.
• La mayoría de las variantes no tienen un impacto significativo.
• La salud pública se preocupa por una variante del SARS-CoV-2 cuando afecta la transmisión, la gravedad, las pruebas, el tratamiento o la eficacia de la vacuna del COVID-19.

¿Cómo se identifican las variantes?

• Durante la pandemia de COVID-19 se han identificado a nivel mundial múltiples variantes del virus que causa COVID-19. Las variantes están determinadas por sus secuencias genéticas. Es importante comprender que se esperan mutaciones genéticas del virus que causa COVID-19, SARS-CoV-2, y que existen muchas cepas del virus.
• El término variante de interés (VOI) se utiliza para describir una variante emergente cuya importancia médica y para la salud pública aún no se conoce.
• Si se piensa que una variante es más contagiosa o que puede causar una enfermedad mayor o una enfermedad grave, o puede afectar el tratamiento o la respuesta a la vacuna, entonces se considera una variante de preocupación (VOC).

¿Por qué estamos rastreando variantes?

Los científicos y los funcionarios de salud pública están estudiando variantes para aprender más sobre cómo controlar su propagación. Quieren comprender si las variantes:

• Se propagan más fácilmente de persona a persona.
• Causan una enfermedad más leve o más grave en las personas.
• Son detectados por las pruebas virales disponibles actualmente.
• Responden a los medicamentos que se utilizan actualmente para tratar a las personas por COVID-19.
• Cambian la efectividad de las vacunas COVID-19.

Diagrama del GENOMA SARS-CoV-2

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☣ Variantes de mayor impacto en la salud pública (VOC)

Varias variantes nuevas surgieron en el otoño de 2020, y actualmente se han detectado casos con las variantes de mayor impacto para la salud pública (VOC) en diversas CCAA.

La confirmación de estos casos requiere realizar una secuenciación genómica. El número de casos secuenciados depende en gran medida de la capacidad de secuenciación de cada una de ellas por lo que no representan la prevalencia en las distintas regiones. La integración de la secuenciación en la vigilancia epidemiológica con muestreos poblacionales aleatorios está en proceso de implementación. Aunque la información disponible en SiViEs es todavía incompleta, contamos con datos pertenecientes a la semana 12 (la semana más reciente con suficientes datos como para ser considerada representativa) de 10 comunidades y las dos ciudades autónomas. Debido al tiempo de respuesta de las técnicas de secuenciación, la información de las últimas semanas es poco representativa.

Los datos confirman el predominio de la variante B.1.1.7 (>90%) con las otras variantes de impacto en salud pública por debajo del 1%.

❉ En el Reino Unido, surgió una nueva variante de SARS-CoV-2 (conocida como 20I / 501Y.V1, VOC 202012/01 o B.1.1.7) con una gran cantidad de mutaciones. Desde entonces, esta variante se ha detectado en numerosos países de todo el mundo. En enero de 2021, científicos del Reino Unido informaron evidencia que sugiere que la variante B.1.1.7 puede estar asociada con un mayor riesgo de muerte en comparación con otras variantes. Se necesitan más estudios para confirmar este hallazgo.

❉ En Sudáfrica, surgió otra variante de SARS-CoV-2 (conocida como 20H / 501Y.V2 o B.1.351) independientemente de B.1.1.7. Esta variante comparte algunas mutaciones con B.1.1.7. Se han detectado casos atribuidos a esta variante en varios países fuera de Sudáfrica. El Servicio Gallego de Salud detectó el primer contagio confirmado de la variante sudafricana de la covid-19 en España.

❉ En Brasil, surgió una variante de SARS-CoV-2 (conocida como P.1) que se identificó por primera vez en cuatro viajeros de Brasil, que fueron evaluados durante un examen de rutina en el aeropuerto de Haneda en las afueras de Tokio, Japón. Esta variante tiene 17 mutaciones únicas, incluidas tres en el dominio de unión al receptor de la proteína de pico.

Un número cada vez mayor de laboratorios está empezando a utilizar pruebas de PCR capaces de identificar muestras compatibles con variantes B.1.351 o P.1 (aunque en la mayoría de los casos no es posible diferenciar entre ambas).

Estos datos empiezan a estar disponibles para una serie de comunidades aunque hay que tener en cuenta que no en todos los casos se someten al cribado muestras seleccionadas aleatoriamente de manera que los porcentajes pueden estar sobreestimados en algunas semanas debido a la sobrerrepresentación de muestras en las investigación de brotes. En la semana 15, primera semana en la que se recogen estos datos de forma centralizada, se cuenta con datos disponibles de 6 comunidades autónomas. El porcentaje de resultados compatibles con variantes B.1.351/P.1 está entre el 0,3% y el 4,1%.

☣ Y las principales variantes de interés (VOI)

La repercusión que otras variantes, diferentes a las mencionadas, puedan llegar a tener en la Salud Pública todavía se desconoce. No obstante, la combinación de mutaciones que presentan o su expansión a nivel local en ciertas localizaciones hacen recomendable el seguimiento de su situación epidemiológica en estos momentos.

• P.2 : se han detectado dos casos esporádicos en viajeros procedentes de Brasil (ambos confirmados mediante secuenciación). Por otra parte, se ha detectado un brote familiar con tres casos positivos (de los cuales uno confirmado por secuenciación) y un brote hospitalario con 9 casos (todos confirmados por secuenciación) sin vínculos conocidos con Brasil.
• B.1.525 : se han notificado 41 casos, todos ellos sin relación con viajes internacionales.
• P.1.429 : El número de casos acumulados es de 26, la mayoría de ellos sin relación conocida con viajes.
• A.23.1 : tres casos confirmados en una misma Comunidad. Uno de ellos asociado a otro caso no secuenciado.
• B.1.526: 8 casos, vinculados todos a viajes a países americanos.
• B.1.1.7 con mutación E484K: Se ha notificado un caso esporádico sin antecedente de viaje internacional

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VARIANTES Y MUTACIONES, EN DETALLE

❉ B.1.1.7 (británica)

También conocida como 20I / 501Y.V1 Variant of Concern (VOC) 202012/01

• Dominante en la mayor parte de los países europeos y en algunas otras localizaciones (Israel).
• Más transmisible, probablemente más letal y no parece que el escape a la inmunidad.
• En todas las CCAA, en la semana 15, se identifica (mediante marcador SGTF o PCR específica) en más del 70% de los casos (rango entre el 74,6% y el 99,2%).

Porcentaje de B.1.1.7 estimado mediante marcador SGTF o PCR específica y número de muestras realizadas con esta técnica durante las semanas epidemiológicas a las que se hace referencia.

En España disponemos de datos indirectos de su evolución en nuestro territorio por cribados mediante la detección del marcador SGTF o mediante PCR específica dirigida frente a alguna de sus mutaciones. La correlación entre estos marcadores y la variante B.1.1.7 aumenta a medida que va reemplazando a las otras variantes circulantes.

❉ DÓNDE SE HA ENCONTRADO LA B.1.1.7 EN EL MUNDO

Esta variante tiene una mutación en el dominio de unión al receptor (RBD) de la proteína de pico en la posición 501, donde el aminoácido asparagina (N) ha sido reemplazado por tirosina (Y):

También tiene otras mutaciones, que incluyen: Deleción 69/70: ocurrió de forma espontánea muchas veces y probablemente conduce a un cambio conformacional en la proteína de la espiga. P681H: cerca del sitio de escisión de furina S1 / S2, un sitio con alta variabilidad en coronavirus. Esta mutación también ha surgido espontáneamente varias veces. Se estima que esta variante surgió por primera vez en el Reino Unido durante septiembre de 2020. Desde el 20 de diciembre de 2020, varios países han reportado casos del linaje B.1.1.7, incluido Estados Unidos. Esta variante está asociada con una mayor transmisibilidad (es decir, una transmisión más eficiente y rápida). En enero de 2021, científicos del Reino Unido informaron evidencia que sugiere que la variante B.1.1.7 puede estar asociada con un mayor riesgo de muerte en comparación con otras variantes. Los primeros informes no encontraron evidencia que sugiera que la variante tenga algún impacto en la gravedad de la enfermedad o la eficacia de la vacuna.

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❉ B.1.351 (sudafricana)

También conocida como 20H / 501Y.V2

• Extendida en Sudáfrica y países vecinos. En Europa representa un porcentaje pequeño de los casos.
• Probablemente más transmisible y posibilidad de escape a la respuesta inmune adquirida tras la infección natural o la generada por algunas vacunas.

DÓNDE SE HA ENCONTRADO LA B.1.351 EN EL MUNDO

Esta variante se identificó por primera vez en Nelson Mandela Bay, Sudáfrica, en muestras que datan de principios de octubre de 2020, y desde entonces se han detectado casos fuera de Sudáfrica, incluidos los Estados Unidos. La variante también se identificó en Zambia a fines de diciembre de 2020, momento en el que parecía ser la variante predominante en el país. Actualmente no hay evidencia que sugiera que esta variante tenga algún impacto en la gravedad de la enfermedad.

Esta variante tiene múltiples mutaciones en la proteína de pico, incluidas K417N, E484K, N501Y. A diferencia del linaje B.1.1.7 detectado en el Reino Unido, esta variante no contiene la deleción en 69/70. Existe alguna evidencia que indica que una de las mutaciones de la proteína de pico, E484K, puede afectar la neutralización por algunos anticuerpos policlonales y monoclonales.

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❉ P.1 (brasileña)

También conocida como 20J / 501Y.V3

• Extendida en la región amazónica de Brasil. Alta prevalencia en Umbría (Italia) pero con extensión limitada a otros territorios.
• Transmisibilidad y virulencia en estudio. Posible escape a la respuesta inmune.

DÓNDE SE HA ENCONTRADO LA P.1 EN EL MUNDO

La variante P.1 es una rama del linaje B.1.1.28 que fue reportada por primera vez por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID) en Japón en cuatro viajeros de Brasil, muestreados durante la detección de rutina en el aeropuerto de Haneda en las afueras de Tokio.

El linaje P.1 contiene tres mutaciones en el dominio de unión al receptor de proteína de pico: K417T, E484K y N501Y. Existe evidencia que sugiere que algunas de las mutaciones en la variante P.1 pueden afectar su transmisibilidad y perfil antigénico, lo que puede afectar la capacidad de los anticuerpos generados a través de una infección natural previa o mediante la vacunación para reconocer y neutralizar el virus.

Un estudio reciente informó sobre un grupo de casos en Manaus, la ciudad más grande de la región amazónica, en el que se identificó la variante P.1 en el 42% de los especímenes secuenciados desde finales de diciembre. En esta región, se estima que aproximadamente el 75% de la población había sido infectada con SARS-CoV2 a octubre de 2020. Sin embargo, desde mediados de diciembre la región ha observado un aumento en los casos. La aparición de esta variante plantea preocupaciones sobre un posible aumento de la transmisibilidad o la propensión a la reinfección de los individuos por el SARS-CoV-2.

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MUTACIONES QUE PUEDEN AYUDAR A QUE EL SARS-CoV-2 SE PROPAGUE EN EL MUNDO:

Las mutaciones más relevantes en España son:

🦠 N501Y

Compartida por B.1.1.7, B.1.351 y P.1

❉ N501Y ayuda a que el virus se adhiera con más fuerza a las células humanas.

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🦠 E484K

Compartida por B.1.351 y P.1

Las mutaciones clave en esta proteína pico son similares a las del linaje B.1.351, aunque surgieron de forma independiente.

❉ E484K , que puede ayudar al virus a evadir algunos tipos de anticuerpos.

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Las cepas ya conocidas de la primera ola:

La segunda ola vino con la variante 20A.EU1 que arrasó en España. En la tercera que hemos dejado atrás vemos las cepas de Inglaterra, Brasil, Dinamarca y Surafricana; y ahora en la "cuarta olita" que parece que estamos experimentando, se ha quedado la Británica como la predominante.

Pero existen otras que están por llegar, como la Cepa de Columbus (Ohio), denominada COH.20G/501Y y muchas más pero que por el momento, no son de riesgo para España.

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Fuentes: NYT, CDC, mscbs.gob.es