El ordenador de red de la Federación Galáctica, Aurora Unit, amanece un día absolutamente corrupto por algo parecido a un virus. La Federación piensa que los Space Pirates pueden estar tras este problema y recibe su ataque. Samus y otros cazadores saltan en su defensa, sólo para averiguar que el enemigo al que se enfrentan es Dark Samus armada con poderes a los que nadie se puede enfrentar.