Los tiempos de la guerra contra Napoleón fueron de gran agitación y de importantes cambios para todas las tierras del imperio español. En 1810 dieron comienzo los combates de la independencia hispanoamericana, y las comunicaciones con las islas Filipinas fueron sometidas a una dura prueba. Buques británicos como el Archiduque Carlos, que recalaron en el puerto peruano de El Callao, mantuvieron sus rutas de comercio en nombre de la Compañía de Filipinas.