La AGA desaconseja el uso de probióticos para la mayoría de afecciones digestivas . Citan, por ejemplo, la falta de pruebas de utilidad de los probióticos en niños norteamericanos con gastroenteritis aguda (en niños de otros países hay estudios que muestran beneficios en niños y adultos, pero no se sabe qué cepa recomendar a cada grupo de pacientes). Tampoco hay pruebas de utilidad en niños que acuden a urgencias con diarrea, como tampoco las hay para tratar la infección por Clostridium difficile, la enfermedad de Crohn, la colitis ulcerosa...