Tras la desamortización y comenzando por las partes altas del Monasterio, fueron desapareciendo las tejas, la cruz de la fachada barroca y el claustro plateresco de la segunda planta con un total de 36 columnas de piedra berroqueña con sus correspondientes capiteles tallados y los dinteles que unían todo el perímetro de aproximadamente 90 metros. (...) Juan Claudio Güell, tercer Marqués de Comillas se llevó piedra a piedra la portada renacentista que se encontraba a la entrada del Monasterio hacia 1950 para instalarla en su finca de Toledo.