Existen muchas maneras de cifrar un archivo o directorio en Linux, pero quizás la más común es usar GNU Privacy Guard (GnuPG o GPG), la implementación libre del estándar OpenPGP. Entre sus características destacan: mayor funcionalidad que PGP; mejor seguridad que PGP 2; descifra y verifica PGP 5, 6 y 7; soporte para ElGamal, DSA, RSA, AES, 3DES, Blowfish, Twofish, CAST5, MD5, SHA-1, RIPE-MD-160 y TIGER; etc.