En latín el verbo que nos dio joder era futuō / futuere, el mismo verbo que produjo foder en portugués, gallego y asturiano. Por eso no veo ninguna razón que explique por qué en castellano tenemos joder en vez de hoder. No es palabra culta introducida más tarde; debe haber sufrido los mismos cambios fonéticos que vemos en hacer < facere, hablar < fābulārī, herir < ferire, huir < fugere, hundir < fundere.
Sí hay unos cuantos casos en que una palabra con h‑ nos ha dado una con j‑, pero no muchos. Un tal ejemplo será el verbo jalar que viene del verbo halar, y éste del francés haler. [...] Pero es muchísimo más común que un verbo en j‑ venga de uno con i‑ en latín, como jactar < iactāre, juzgar < iūdicāre, jugar < iocāre.
Tengo mis dudas que futuere > joder evolucionara así. ¿Existe otra explicación creíble?