Lo que hace sin duda único este lugar, son las pinturas murales que decoran sus seis bóvedas y cuya belleza y estado de conservación han llevado a que el lugar se haya rebautizado como “La Capilla Sixtina del Arte Románico”. Se trata de frescos sobre estuco blanco, su datación es compleja aunque sin duda anterior al año 1149 en que se consagró la nueva iglesia. El programa iconográfico es variado y se divide en tres ciclos relacionados con la liturgia mozárabe y con la fracción de la Sagrada Forma en la referida liturgia.