El Humedal de Salburua actúa como depurador de las aguas subterráneas de Vitoria reduciendo la concentración de nitratos procedentes de la agricultura, a pesar de que los niveles rebasan "frecuentemente" los límites marcados por la UE. Así se desprende de la tesis doctoral de Miren Martínez, investigadora del Departamento de Geodinámica de la UPV/EHU, en la que junto a la importante riqueza biológica de Salburua, destaca que el humedal juega un papel "trascendental en la atenuación de nitratos" procedentes de la agricultura.