El museo contrata un informe por casi 50.000 euros para conocer la presión fluvial de dos pozos situados bajo los cimientos del Edificio Villanueva. Un nivel freático alto influye en las cimentaciones y afecta a la permeabilidad de los edificios. La acción más directa de las bolsas de agua, que crecen en época de lluvias, son empujes hidrostáticos sobre los muros de los sótanos y presiones sobre las obras de cimentación. La amenaza más común de la humedad del suelo es por inundación y contaminación.