#21 Trabajo con arqueas en cultivo puro, sí, eso es realmente de ayuda. Y ya están secuenciadas, yo me preocupo del transcriptoma. Espero en un futuro mudarme hacia campos más ambientales.

Siempre me he preguntado, ¿tanto problema hay en poner la muestra de suelo con fenol-cloroformo? Que en los kits la membrana de silicio retenga ácidos húmicos puede ser normal, pero una precipitación con isopropanol o etanol y acetato de sodio en principio debería eliminar las impurezas bastante bien. O una columna de intercambio iónico, al menos.
Supongo que no es tan fácil, pero siempre me ha chocado ese problema.

Solecito... en Dinamarca no tenemos de eso

#14 Se hacen estudios de poblaciones silvestres en función del ARNr 16S.

#14 Bueno, la secuenciación de RNA está bien (es a lo que me dedico ahora, por supuesto que está bien), pero para nuevas especies es peligrosilla, que una vez alineas las lecturas no te hace hermosos contigs con que ensamblar un genoma completo. Al fin y al cabo la transcripción es discontinua, por mucho que haya un cierto transfondo en casi todos los rincones del genoma.

Lo ideal sería una estrategia combinada, no es tan difícil separar ARN, ADN e incluso proteínas de una sola muestra (cloruro de litio, tío, cloruro de litio 8 molar ), y ahora hay técnicas de secuenciación que dan lecturas larguísimas (hasta 15kb creo recordar). Bueno, las muestras de suelo sí son más difíciles, contienen inhibidores de PCR.

La secuenciación no es el problema, y es bastante barata, lo que sí crea un sesgo es el medio de enriquecimiento, que es en mi opinión lo mejor del artículo.
(el artículo -> http://aem.asm.org/content/early/2014/09/29/AEM.02741-14.abstract )

Por cierto, trabajar con ARN no es para tanto, es cosa de tener un poco de práctica, y en cuanto haces la librería de secuenciación en realidad lo retrotranscribes a ADN que se puede guardar con mucha más tranquilidad.

Y otra cosica, me parece muy mal que dejes fuera a las arqueas Las arqueas son los únicos metanógenos, y son el gran peligro de las turberas.

#19 pido perdón a las siempre olvidadas pero no menos importantes arqueas

No sé si he entendido bien, pero supongo que trabajas con bacterias ya en cultivo puro, aisladas del ambiente que sea. Para conocer su potencial metabólico, obviamente, con secuenciar el genoma (DNA) ya te va bien. Como bien dices, las estrategias combinadas de DNA, RNA y proteina, son las mejores siempre, y las que dan una visión mas amplia. El problema es que el metabolismo de un aislado siempre será diferente en cultivo en laboratorio que en su ambiente real. Por eso, extraer ciertas conclusiones es arriesgado, aunque ese tipo de estudios sigue siendo útil. Yo mismo los estoy haciendo.

Cuando digo que trabajar con RNA es complicadete, me refiero a extraer RNA de suelos directamente para construir un metatranscriptoma y saber que genes estan realmente activos en el ambiente y saber a quien pertenecen. En muestras ambientales hay muchísimos inhibidores, como bien has dicho, y los kits no son todavía funcionales para todo tipo de suelos. De todas formas, eso es otro discurso.

Para ciertas cosas, aislar cepas sigue siendo valioso y útil para la ciencia básica y la biotecnología. Por eso mismo, mejorar los sistemas de aislamiento es muy interesante para los que trabajamos en esto. De ahí el valor y el interés del artículo.

Buena discusión, mucha suerte con tus investigaciones y disfruta del solecito si todavía tienes la suerte de trabajar en Spain.

#21 Trabajo con arqueas en cultivo puro, sí, eso es realmente de ayuda. Y ya están secuenciadas, yo me preocupo del transcriptoma. Espero en un futuro mudarme hacia campos más ambientales.

Siempre me he preguntado, ¿tanto problema hay en poner la muestra de suelo con fenol-cloroformo? Que en los kits la membrana de silicio retenga ácidos húmicos puede ser normal, pero una precipitación con isopropanol o etanol y acetato de sodio en principio debería eliminar las impurezas bastante bien. O una columna de intercambio iónico, al menos.
Supongo que no es tan fácil, pero siempre me ha chocado ese problema.

Solecito... en Dinamarca no tenemos de eso

#12 Hay variedades que se pelan con sólo meter el dedo y otras sólo sirven para hacer zumo.
#10 Chiste inevitable: -Cariño, tráeme una naranja -¿Te la pelo? -No. Primero tráeme la naranja, después chúpamela y luego me la pelas.

#7 También puede estar la idea para un virus super mortífero que sea usado para perpetrar una masacre, o de una mega-arma de destrucción masiva, y tampoco verá la luz por los mismos motivos. Todo tiene su doble filo.

#4 Qué va. El ADN mitocondrial es el gran olvidado.