#20 Primero intenta tener claro lo que es una interacción a nivel atómico:
Las atracciones por fóforo (¿fósforo?) supongo que serán dispersivas y deberán compensar repulsiones de otro tipo. Si el total es estable se puede hablar de enlace.
La electronegatividad puede justificar la presencia de interacciones atractivas pero no se a que te refieres.
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Estable: energía del total < energía partes constituyentes.
En interacciones intermoleculares de una proteina puedes buscar modelos discretos.
O también puedes mirar teoría de enlace con cosas como las propuestas por Bader: http://theory.cm.utexas.edu/bader/ y demás cosas bastante inviables por tamaño.