El turista alemán que ha dado positivo en La Gomera ya no presenta síntomas. ¿Lo consideramos curado ya? No.
Los motivos son varios y explican también por qué hasta la fecha hay "pocos curados oficiales".
1. No hay criterios de curación.
Principal motivo por el que ahora mismo dar de alta a un paciente queda a criterio del equipo médico sin que haya medicina basada en la evidencia.
2. Tenemos un modo de diagnoticar infección pero no curación.
Ahora mismo podemos diagnosticar el virus por reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Esta usa una retrotranscriptasa y amplifica la secuencia genética para compararla con una base de datos y decirte qué virus es.
No te dice si el virus está "vivo" o muerto", sólo a qué especie pertenece el ARN extraído de la muestra. El virus puede no ser viable pero su ARN seguirá en las muestras que se tomen del paciente. El paciente puede estar curado clínicamente y ya no ser contagioso por expulsar virus inviables pero la PCR seguirá siendo positiva.
Por eso, solicitar PCR para dar de alta un paciente es siempre incorrecto. A veces permanecen positivas durante meses.
3. Dado que es un virus desconocido del cual desconocemos cuándo deja de ser infectivo y la evolución clínica del cuadro que produce parece sensato que los pacientes queden en observación (y permanezcan en aislamiento) pese a que estén aparentemente curados clínicamente.
4. La fase de convalescencia de los virus respiratorios es larga y suele ser habitual que se resuelvan todos los síntomas (distrés respiratorio, distermia, dolor torácico) a excepción de la tos que suele prolongarse durante semanas.
Conclusión: no, no se puede decir que haya un 50% de mortalidad porque haya 250 muertes y 250 curados. Las matemáticas son una ciencia y la epidemiología clínica o la infectolofía son otras.
Comentarios
Ya está, ya no envío mas cosas del corona que tengo otras cosas que estudiar
#1 Las matemáticas son una ciencia y la epidemiología clínica o la infectolofía son otras.
Así me gusta que consideres las matemáticas una ciencia y el resto "cosas"
#1 Magnífico envío
#1 "no, no se puede decir que haya un 50% de mortalidad porque haya 250 muertes y 250 curados"
El problema es que los datos chinos de contagiados va muertos mantienen un ratio prácticamente igual día a dia y justo por debajo del 2%, casi como si estuvieran manipulados. Esta semana sabremos la realidad, a medida que se extienda por otros países.
#8 Vale, lo intento explicar:
La PCR significa reacción en cadena de la polimerasa. Para llevarla a cabo se realizar 3 pasos como mínimo (esto no es siempre así pero es por simplificar).
1. Se toma una muestra clínica, se sedimenta varias veces por centrifugación a la vez que se añaden ciertos reactivos que tienen como objetivo extraer todo posible ADN presente. Esto significa que si vas a estudiar el microorganismo que sea, esté vivo o muerto, lo único que vas a extraer es su ADN (o ARN en el caso de muchos virus).
2. Sometes el ADN a una serie de ciclos basados generalmente en cambios de temperatura. Suele empezarse con una temperatura muy alta (>90 grados) con el objetivo de desnaturalizar la moléculo (por ejemplo, en el caso del ADN es como si rompiese su estructura de doble hélice y lo estirases). A continuación usas una enzima que selecciona una parte de dicho genoma y comienza a amplificar esa región (esas amplificaciones se llaman amplicones).
La máquina se encarga a continuación de repetir el ciclo muchas veces hasta que es capaz de leer la secuencia.
3. Cuando lee la secuencia interpreta los datos. Los compara con una base de datos y te indica a qué especie pertenece. Además te muestra en una gráfica la curva de amplificación. Todo eso se contrasta con un control interno.
Si hay ADN detectable, aparecerá una curva de que se ha amplificado algo y te indicará en qué ciclo ha sido capaz de leerlo (threshold cycle o Ct). Si no ha sido capaz de amplificar nada, no habrá curva y en la gráfica se ve una línea recta.
Si el control interno no genera una curva, la PCR es inválida ya que el control debe ser positivo.
La PCR es un método de diagnóstico molecular rutinario en muchos laboratorios. Varía mucho de un tipo a otro pero tarda unas 1-6 horas en arrojar un resultado (por eso no se consideran "pruebas rápidas"). Hay muchos tipos de PCR:
- PCR convencional (se suelen hacer a mano y sobre gel).
- PCR en tiempo real (te permite ver la curva a medida que hace los ciclos).
- PCR multiplex (capaz de detectar varias dianas con una sola determinación, es decir, descarta varios patógenos - de ahí lo de multi -).
- PCR con retrotranscriptasa inversa (usado en patógenos con ARN como genoma).
- Etc...
Por tanto la PCR únicamente te indica si en esa muestra hay o no ADN.
Eso luego lo tiene que interpretar el microbiólogo y el clínico.
Por ejemplo:
- Si el paciente tiene una neumonía, la muestra procede del tracto respiratorio inferior y la PCR es positiva para neumococo, lo más probable es que sea una infección por neumococo.
- Si el paciente está asintomático, la muestra procede del tracto respiratorio superior y la PCR es positiva para rinovirus, lo más probable es que sea portador del rinovirus.
- Si el paciente ha evolucionado bien tras antibióticos, no hay signos clínicos ni analíticos de infección y se solicita una PCR, lo más probable es que el resultado corresponda a una infección pasada y el ADN extraído corresponda a microorganismos muertos.
Espero haberme explicado bien.
#9 GRACIAS. O sea, entiendo, quiero entender que hay luego un análisis profesional por parte del microbiólogo de turno con respecto a los resultados, a la luz de los ejemplos que pones... Parece más importante (soy ajeno al mundo de la microbiología) el ARN que la cadena propia del virus (ADN), entiendo desde mi desconocimiento.
Como sé entre poco y nada del asunto me he ido a la wiki: "...el ADN no puede actuar solo, y se vale del ARN para transferir esta información vital durante la síntesis de proteínas (producción de las proteínas que necesita la célula para sus actividades y su desarrollo..."
Entiendo que es el mecanismo de copia / pega del ADN del virus...
Una petición más... cuando tengas tiempo y ganas... podrías explicar aunque sea para iletrados (como yo) cómo funciona un virus, ya que es difícil encontrar documentación que vaya por niveles de conocimiento o hay artículos sesudos que sólo entienden los microbiólogos o lo explican con dibujitos para niños... no hay un término medio, digamos. De nuevo, gracias por tu explicación.
#10 Vale, me lo apunto pero vaya pregunta más genérica
. Igual encuentro algún modo de resumírtelo muy pero que muy mucho. Creo que sí. En cuanto tenga tiempo veo a ver. Fácil de resumir no es 
#11 Bueno... ya imagino que es todo un mundo, pero al menos para que cuando nos acodemos en la barra de bar podamos decir cosas con cierto sentido... jajajajaja. Digamos un texto que permita darle en los morros a los "cuñaos" en las reuniones de marras. Jajajaja. Gracias.
#12 Estoy trabajando 24 horas hoy y no sé si tendré tiempo de satisfacer tu pregunta. Pero sumado a lo que ya te han dado #14 y #16, date un repaso a este artículo:
https://es.m.wikipedia.org/wiki/Clasificaci%C3%B3n_de_Baltimore
La virología es todavía algo que no domino. Si lo dominase sería capaz de resumírtelo pero por desgracia hay que estudiar mucho para ello. Este misma clasificación de los virus es básica y es algo que tengo pendiente. Los virus son básicamente genomas en movimiento. Si repasas los conceptos básicos de replicación, transcripción y traducción ya avanzas bastante. Aunque por supuesto hay mucho más.
#17 GRACIAS. Pero cuando dices frases como "Los virus son básicamente genomas en movimiento." Se me cruzan todos los cables... como que no entiendo, no acabo de entender la biología compleja. Estudié en su día el concepto de ADN y de ARN, la replicación y traducción pero... claro... a nivel estudiante... Pero me interesa el tema, curiosidad de escritor, porque me parece que hay un mundo complejo y "oculto" (comillas) de cómo funcionan las cosas relacionadas con la microbiología... la definición de virus, su funcionamiento, cómo se integran en el gran concepto de la vida compleja... mil cosas. Creo que sé poco y que... me gustaría saber más. Tengo un tocho de genética que me compré para intentar saber algo más... pero es que es demasiado "tocho" para mis pobres conocimientos, sospecho que me falta base... Por curiosidad personal. Gracias, de nuevo.
EDITO/AÑADO: Primero tu trabajo de 24 horas... sospecho que serán duras horas... lo de aquí es... anecdótico, claro.
#18 Pues sigue con esa inquietud. A mí me has motivado a estudiar cosas que tengo pendientes.
pero el Murray es para microbiólogos). Eso sí, son conceptos avanzados de medicina pero por si te interesa tener una enciclopedia de calidad sobre el tema. Mañana mismo me cojo el Mandell
Si quieres saber cuál es el libro de referencia para infectología, busca el Mandell y el de microbiología es el Murray (mentira, es el Mandell
#19 Tranquilo, sólo es curiosidad, inquietud intelectual... lo primero es lo primero (tu trabajo) y lo anecdótico es mnm... si puedes y quieres... me gustaría saber más... como de tantas cosas.
#18 Tocho y genética han captado mi atención. ¿Que libro es ese del que hablas?
#20 Espera, lo busco en la estantería... "Genética. Fundamentos y perspectivas".
#10
Tal vez sea yo un niño pero me sirvió a partir del minuto 10 mas o menos.#14 Muchas gracias.
#10 Prueba también a echarle un vistazo a la definición que hay de virus en la wikipedia, creo que es ese punto medio que hay entre un articulo de revista científica seria y los dibujitos para niños:
https://es.wikipedia.org/wiki/Virus
#27 Joer, muchas gracias.
Vaya currada te has pegado
#0 Perdona que te lo ponga aquí, pero pensé que podía tener algún interés:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.20021154v1.full.pdf
Ya que siempre estás ahí para informar, pues bueno, aporto lo que he encontrado...
No sé, no tengo muy claro el tema...
#24 Muchas gracias por la aportación. Y me lo leeré en cuanto encuentre tiempo
Gracias.
#25 Gracias a ti. Ya nos dirás si es mierda o dice algo interesante ...
#26 Lo acabo de leer. Se pueden comentar varias cosas.
- Un índice reproductivo tan alto es bastante probable. Los coronavirus son los virus ARN más largos conocidos y tienen muchos genes dedicados a la replicación. Esto es lo jodido de estos virus, son maquinarias muy sofisticadas.
- Hay otros virus como el del sarampión con un índice reproductivo increíblemente alto, de 12 en este caso, pero disponemos de vacunas que es la medida preventiva más eficaz. Con este virus no disponemos de una vacuna. Es como si afrontásemos un nuevo virus pseudogripal a pelo, de hecho esta es la situación.
- Lo que diferencia y asusta de este virus pseudogripal de otros (como parainfluenza o metapneumovirus) es su patogenicidad. Es más virulento que los coronavirus comunitarios, pero no hay que engañarse, el perfil de los pacientes que más complicaciones sufre es el mismo que el de cualquier virus respiratorio: ancianos, inmunodeprimidos y broncópatas (y sí, hasta el mismo rinovirus mata en este grupo de pacientes). Tiene la particularidad de que puede producir un daño alveolar difuso y un distrés respiratorio similar al del SARS pero esto no es único de este virus, cualquiera lo puede producir. Lo que pasa es que nos llevamos toda la vida expuestos a rinovirus, adenovirus, virus influenza... y cuando nos llega un nuevo coronavirus al que no hemos estado expuesto, carecemos de células memoria para que haya una respuesta inmunitaria secundaria y este virus es muy hábil en evadir los mecanismos de defensa naturales.
- La verdadera cara del virus se muestra fuera de Hubei y sobre todo fuera de China. El índice de mortalidad se situa en estos territorios en un 0.5-1% pero no me cansaré de decir que esto es meramente orientativo. El alcance real no lo sabremos hasta que no haya finalizado su primera estación epidémica. Porque sino sería un absurdo decir que si en Irán han habido 2 muertos de 2, este virus tiene un índice de mortalidad del 100%. De ahí el fallo en hacer cálculos tan pronto, tranquilidad.
- Es un virus muy contagioso no hay duda y es moderadamente virulento. Las infecciones respiratorias bacterianas por Pseudomonas o Legionella son muchísimo más virulentas pero disponemos de antibióticos. Con este no tenemos antivirales aprobados todavía.
- Así que hasta que no haya vacuna y/o antiviral efectivo, es posible que como dice el artículo la cuarentena se quede corta.
- Pero fíjate en lo que hicieron en Hubei, cambiar los criterios diagnósticos y los casos positivos ya no necesitaban confirmación microbiológica lo que resultó que de un día para otro hubiesen "15000" casos más (entre comillas, por lo de no confirmarse por PCR). Así que esto de la cifra de contagiados es muy relativo. Como lo es la de la gripe, muchísima gente es mandada a casa con diagnóstico de gripe sin confirmación microbiológica (la mayoría de hecho) o se queda en casa y esto es lo que va a ocurrir con este coronavirus.
- Así que hay que empezar a asumir que haya que dejar este virus en "libre circulación" y que ya no se hospitalicen todos los casos sino sólo los moderados-graves para evitar saturar los hospitales. Quizás no sea el momento idóneo aún ya que pese a todo, la epidemia está aún controlada fuera de China pero es probable que en el futuro cercano asumamos la derrota de tratar de contener el virus y "demos la bienvenida" a un nuevo virus pseudogripal. Es desagradable, pero es un escenario bastante probable y puede que al final sea hasta lo más deseable para así normalizar y relativizar un poco este problema.
- Finalmente te digo que aún no hay tiempo para que los artículos que se están publicando como este pasen revisión por pares así que absolutamente todo lo que leamos tiene que cogerse con pinzas porque puede cambiar de un día para otro. No va a ser el caso pero por ponerte un ejemplo con el SARS se estimó al principio una R0 de 2.5 y al final fue de 0.5 así que tomemos toda información con cautela.
Conclusión: tranquilidad y prudencia
Interesante artículo. Amigo. Puedes darme alguna fuente
#3 Estoy con el móvil ahora mismo pero te paso alguna.
- PCR de coronavirus de Wuhan. Protocolo de la OMS (13 enero 2019) (ojo, es un PDF) https://www.google.com/url?sa=t&source=web&rct=j&url=https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf%3Fsfvrsn%3Dd381fc88_2&ved=2ahUKEwihgrih9rDnAhURahQKHTmCBoMQFjAAegQIBRAB&usg=AOvVaw3_uFq_nHy37dgnkLlBhQDp
- Información de los CDC sobre la PCR (en este caso para el virus de la gripe)
https://espanol.cdc.gov/enes/flu/professionals/diagnosis/molecular-assays.htm
De este enlace:
Un resultado positivo indica la detección de ARN viral de influenza o ácidos nucleicos en el espécimen respiratorio sometido a prueba, que confirma la infección por el virus de la influenza, pero no necesariamente significa que el virus infeccioso está presente o que el paciente puede contagiar.
Un resultado positivo en las pruebas de detección en especímenes de las vías respiratorias superiores en una persona que recibió por vía intranasal la vacuna atenuada en virus vivos (LAIV) contra el virus de la influenza puede indicar la detección del virus contenidos en la vacuna.
PD. Lo de que la PCR no se puede solicitar para cerciorarse de la curación de una infección es algo básico pero créeme que hay muchos médicos que la solicitan para eso y luego se extrañan de que les salga positivo
#4 gracias. Brother
Bueno bueno, vaya párrafo el último.
Das a entender que las matemáticas no valen para este problema... usando las matemáticas mal.
Si hay 250 muertos y 250 curados hay un 50% de mortalidad... siempre que esos sean los dos únicos estados posibles. Que no lo son. El problema aquí no son las matemáticas, son nombres que se asignan a las variables del problema.
Lo que intentas decir es que el porcentaje de mortalidad se tiene que calcular como muertos/infectados, no como muertos/curados.
#6 Lo más importante es saber que no podemos arrojar este tipo de cifras aún aunque estemos todos (profesionales o no) deseosos de saberlas.
Por ejemplo, se habló de que la R0 inicial era 3.8. Claro, porque los primeros pacientes eran los trabajadores del mercado de Huanan que había recibido un inóculo mucho mayor del virus por estar constantemente expuestos y que por tanto eran más infectivos.
Ahora que se están diagmosticando casos secundarios con una exposición más limitada descubrimos que hay que corregir la R0 y que lo probable es que esté entre 1.5 y 2.5.
No se debe calcular una tasa de mortalidad cuando no sabemos cómo está la base de la pirámide, es decir, los infectados que nunca recibirán diagnóstico por haber presentado síntomas leves y que no han buscado atención médica. No podemos calcularlo pero sí podemos estimarlo.
Y la estimación ni de lejos se acerca al 50%. Tenemos muchos datos que indican que no sobrepasará el 10% (se estima que de un 0.3 al 3%).
1. Menor afinidad por el receptor que el SARS (estudios genéticos).
2. Perfil de los pacientes con neumonía severa (similar a los de la gripe).
3. Evolución de los pacientes sin comorbilidades (se está informando de que es bastante buena).
Etc...
¿Que lo de poner en cuarentena 55 millones de personas parece apocalíptico? Sí, pero porque es una nueva cepa desconocida de coronavirus. Repito, desconocida. Lo más probable es que acabe teniendo una morbimortalidad como la del influenza pero eso lo vamos sabiendo ahora poco a poco, antes había que extremar precuaciones.
#7 Una duda técnica y curiosidad personal... ¿podrías explicar un poco qué es eso de PCR en este caso concreto? Y su relación con esto que dices... "El virus puede no ser viable pero su ARN seguirá en las muestras que se tomen del paciente."
Gracias.